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# Mycobacterium abscessus complex visualization

Visualization of the average spectra Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time Of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) of the different subspecies of Mycobacterium abscessus complex using MALDIquant [1], MALDIrppa [2] and plotly [3] R packages is available [3] R packages is available here.

For information concerning this visualization : A. godmer alexandre.godmer@aphp.fr

This work was performed for article (Article in submission) :

Contribution of Machine Learning for subspecies identification from Mycobacterium abscessus complex with MALDI-TOF MS in solid and liquid media

Alexandre Godmer¹^,², Lise Bigey¹^,³, Quentin Giai-Gianetto⁴^,⁵, Gautier Pierrat², Noshine Mohammad⁶, Faiza Mougari⁷, Renaud Piarroux⁶, Nicolas Veziris¹^,²^,⁸, A. Aubry¹^,⁸

Corresponding author: Alexandre Godmer – alexandre.godmer@aphp.fr

1 U1135, Centre d’Immunologie et des Maladies Infectieuses, Sorbonne Université, Cimi-Paris, Paris

2 AP-HP (Assistance Publique Hôpitaux de Paris), Département de Bactériologie, Groupe Hospitalier Universitaire, Sorbonne Université, Hôpital, Saint-Antoine, Paris, France INSERM

3DER (Département d’Enseignement et de Recherche) de Biologie, ENS Paris-Saclay, Université Paris-Saclay, 91190 Gif-sur-Yvette, France

4 Institut Pasteur, Université Paris Cité, Bioinformatics and Biostatistics HUB

5 Institut Pasteur, Université Paris Cité, Proteomics Platform, Mass Spectrometry for Biology Unit, UAR CNRS 2024

6 Sorbonne Université, Inserm, Institut Pierre-Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique, IPLESP, AP-HP, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, Service de Parasitologie- Mycologie, 75013 Paris, France

7 Service de Mycobactériologie spécialisée et de référence, CNR des mycobactéries (laboratoire associé), APHP GHU Nord; Université Paris Cité, INSERM IAME UMR 1137 -Paris, France

8 AP-HP (Assistance Publique Hôpitaux de Paris), Centre National de Référence des Mycobactéries et de la Résistance des Mycobactéries aux Antituberculeux, Paris, France

References

[1] Gibb S, Strimmer K. MALDIquant: a versatile R package for the analysis of mass spectrometry data. Bioinformatics. 2012 Sep 1;28(17):2270-1. doi : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts447 . Epub 2012 Jul 12. PMID: 22796955.

[2] Javier Palarea-Albaladejo, Kevin Mclean, Frank Wright, David G E Smith, MALDIrppa: quality control and robust analysis for mass spectrometry data, Bioinformatics, Volume 34, Issue 3, 01 February 2018, Pages 522 - 523, doi : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx628

[3] Sievert C (2020). Interactive Web-Based Data Visualization with R, plotly, and shiny. Chapman and Hall/CRC.# MABSc